دفتر مطالعات فقهی پزشکی قانونی، مشاور فقهی سازمان پزشکی قانونی، در راستای تقریب سه حوزه فقه، حقوق و پزشکی قانونی، در بهمن ماه سال ۱۳۹۱ تأسیس گردید.

دفتر مطالعات فقهی، ضمن تعامل با پژوهشگران فقهی، پژوهشگران حقوقی و  پژوهشگران عرصه پزشکی قانونی، تلاش دارد تا ابهامات، اجمالات و خلاءهای فقهی- حقوقی که در حوزه قوانین مربوط به سازمان پزشکی قانونی ایجاد مشکل می‌کنند براساس مدار شرع مقدس اسلام، مورد تحقیق و بررسی قرار دهد.تا از این رهگذر رهیافت‌های لازم را پیش روی مسئولین امر در سازمان پزشکی قانونی قرار دهد.

بر این اساس مرکز مطالعات فقهی پزشکی قانونی، با بهره‌گیری از سه دانش فقه، حقوق و پزشکی، تحقیقات و مطالعاتی را در این زمینه‌ها ارائه داده و از تأملات پژوهشگران هر سه حیطه، استفاده می‌نماید.

همچنین از دیگر اهداف مهم مرکز مطالعات فقهی پزشکی قانونی، تلاش بی‌وقفه این مرکز در ایجاد طرح‌های جدید در راه پیشرفت و تعالی اهداف سازمان پزشکی قانونی است تا از این رهگذر تعاملی مثبت و سازنده با دستگاه قضایی ایجاد کرده و در زمینه تولید علوم جدید فعالیت نماید.